Usvědčený vrah Callum Lynch (Michael Fassbender) je nedobrovolně vysvobozen z cely smrti jen proto, aby se stal součástí staletého boje mezi asasíny, templáři a španělskými inkvizitory. Jeho novým vězením se stává tajné zařízení

Abstergo vybavené revoluční technologií Animus, která odhaluje v lidské DNA genetické vzpomínky a tím umožňuje vrátit se a prožít vzpomínky předků, které byly dosud ztracené v minulosti. Callum se díky Animusu propojí se svým prapředkem žijícím v Granadě a Seville v období španělské inkvizice v 15. století. Jmenuje se Aguilar de Nerha a je členem bratrstva asasínů, které už několik století vede skrytou válku s řádem templářů, svým odvěkým nepřítelem. Tajná organizace asasínů se zavázala chránit svobodnou vůli lidstva a snaží se zabránit tomu, aby se templáři s pomocí inkvizice zmocnili mocného artefaktu nazývaného Jablko Ráje.

A právě tento artefakt je podle přesvědčení templářů nástrojem k ovládnutí celého světa