Představte si, že vaše realita je jen iluzí a vaše nejtemnější noční můry jsou ve skutečnosti pravdivé. Představte si, že vaše současnost je vlastně minulostí a to budoucí se děje právě teď. Když si to dokážete představit, potom se budete cítit jako hrdina snímku Matrix Thomas Anderson (Keanu Reeves). A věřte, že to nebude příjemný pocit. Anderson je normální mladý muž, který se jen snaží přežít v každodenním shonu moderního velkoměsta. A má všechny předpoklady aby se mu to povedlo: dobré přátele, milující rodinu a perspektivní práci v multinárdoní počítačové společnosti Meta Cortech.

Jednoho dne, nebo lépe řečeno noci, se však do jeho spokojeného mozku zakousne strašlivá noční můra. Zdá se mu, že byl proti své vůli vložen v podobě dat do počítače a všechno to, co až dosud považoval za svůj osud, je jen vírem dat okolo několika tištěných spojů. Má pocit, že mu byla jeho mysl ukradena a uvězněna v obřím Matrix počítači budoucnosti. Začíná vážně pochybovat o své každodenní skutečnosti.

Byl skutečně vhozen do stroje? Kdo je za to zodpovědný? Je tam s ním zavřeno i těch několik stovek lidí, které zná? Nebo jsou to jen projekce, které mají udržet zdání reality? A pak je tu otázka nejdůležitější: pokud je to všechno pravda, co se stane, až jeho věznitelé přijdou na to, že ji zná?